ABCs Laborcharakterisierung

Hinweis: CDC kann nach Bedarf herkömmliche mikrobiologische Methoden, Echtzeit-Polymerasekettenreaktion (RT-PCR) und Objektträgeragglutination durchführen, um etwaige Unstimmigkeiten zu beheben.

Haemophilus influenzae RT-PCR zur Bestätigung der Isolatspezies und der Kapselgenogruppe.

Hinweis: CDC kann nach Bedarf herkömmliche mikrobiologische Methoden, Objektträgeragglutination und Sequenzierung des gesamten Genoms durchführen, um etwaige Unstimmigkeiten zu beheben. CDC wird WGS für die molekulare Typisierung von Isolaten im Rahmen spezieller Projekte oder Anfragen durchführen.

Gruppe A Streptococcus WGS-basierte Charakterisierung für alle Isolate, einschließlich Abzug von:
  1. emm Typen und T-Typen
  2. Resistenzmechanismen und alle minimalen Hemmkonzentrationen (MICs) auf dem Panel (und anderen); PBP2x-Aminosäuresequenztypen zur Überwachung des möglichen Auftretens von Beta-Lactam-Nichtempfindlichkeit
  3. Multilocus-Sequenztyp (MLST) 2
  4. Vorhandensein / Fehlen von Schlüsseloberflächenproteinen, Exotoxinen, Virulenzmarkern
  5. Strategische Teilmenge für die konventionelle MIC-Bestimmung
  6. Phylogenetische Clusterbildung innerhalb klonaler Typen, um potenzielle anhaltende Krankheitscluster zu erkennen
Gruppe B. Streptococcus Aus ausgewählten Überwachungsbereichen WGS-basierte Charakterisierung für alle Isolate, einschließlich Abzug von:
  1. Kapselserotyp
  2. MIC-Vorhersagen, einschließlich PBP2x-Typisierung zum Nachweis einer verminderten Anfälligkeit für Beta-Lactam
  3. MLST
  4. Strategische Teilmenge für die konventionelle MIC-Bestimmung
  5. Typ der Penicillin-bindenden Proteine ​​(PBP); Datenbank der Penicillin-bindenden Proteintranspeptidase-Sequenz (PBP-Typ) zum Nachweis der Beta-Lactam-Resistenz im ersten Schritt
  6. Vorhandensein oder Nichtvorhandensein verschiedener Oberflächenproteine, einschließlich bestimmter Impfstoffkandidaten
  7. Konventionelle MIC-Prüfung ausgewählter Isolate
Streptococcus pneumoniae WGS-basierte Charakterisierung aller Isolate, einschließlich Abzug von:
  1. Kapselserotyp
  2. MIC-Vorhersagen, einschließlich PBP-Typisierungssystem zur Bestimmung von MICs für Beta-Lactam-Antibiotika
  3. MLST
  4. Pilusarten
  5. Konventionelle MIC-Tests ausgewählter Stämme
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1 WGS: Sequenzierung des gesamten Genoms - ein Prozess, der gleichzeitig die vollständige DNA-Sequenz des Genoms eines Organismus bestimmt.Wird im Rahmen der AMD-Initiative von CDC verwendet: www.cdc.gov/amd/project-summaries/pneumococcal-vaccines.html

2 Multilocus-Sequenztyp - ein 7-Locus-Genotyp, der sowohl zur Identifizierung von Hauptlinien als auch zur Überprüfung von Arten nützlich ist

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