Freitextcodierung in NSSP - ESSENCE: Teil 4

Dies ist der vierte Artikel in der Reihe zum Schreiben von ESSENCE-Freitextabfragen. Wir danken dem Senior Data Analyst Zachary Stein für die Entwicklung dieser Serie.

Teil 1. Platzhalter
Teil 2. Unterstriche_und Klammern []
Teil 3. Einschlussbedingungen
Teil 5. Eine "Starter" -Sturzverletzungsabfrage und Beispiele für komplexe Abfragen
Teil 6. Dinge einpacken

Einführung

Die Suchkriterien für ESSENCE-Freitextabfragen basieren auf booleschen logischen Operatoren und regulären Ausdrücken. Bei Freitextabfragen wird nicht zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden. Sie können "^" für Platzhalter enthalten. "," Für mehrere Einträge; "ISBLANK", um nach Leerzeichen zu suchen; "ISNULL", um nach Nullen zu suchen; [COMMA] nach Kommas suchen; und Operatoren "und", "oder", "und nicht" und Klammern "()", um Reihenfolge und Gruppierung zu definieren. Diese Reihe wird all diese Themen ausführlich behandeln.

Freitextabfragen machen die Praxis der syndromalen Überwachung, insbesondere die Verwendung von NSSP-ESSENCE, an verschiedene Datenquellen und -typen anpassbar. Durch die Verwendung von Freitextabfragen können Analysten und Epidemiologen ein hohes Maß an Anpassung vornehmen. Sie können Freitextabfragen schnell codieren und schnell auf Ausbrüche, Katastrophen und Ereignisse reagieren, die sich entwickeln. Mit diesen Funktionen können Benutzer Abfragen an ihre Datenebene anpassen und so genaue Ergebnisse sicherstellen.

Es folgt die Freitextcodierung in ESSENCE, die allen Benutzern zugänglich ist unterschiedliche Muster. Durch das Erlernen des Lesens dieser Muster können Benutzer Anfragen von vielen Stellen aus entgegennehmen und sie entsprechend ihren individuellen Anforderungen neu verwenden. Die Überwachung des Syndroms hängt stark von den Methoden des Teilens ab, und die Praktiker müssen die Sprache verstehen.

Teil 4. Ausschlussbedingungen und Klammern

Bisher haben wir in dieser Reihe die grundlegende Notation von Abfragen, die Verwendung von Carets, Unterstrichen und Klammern sowie die Anweisungen „OR“ und „AND“ behandelt. Die letzten beiden Teile der Struktur einer Abfrage können "ANDNOT" -Anweisungen und Klammern enthalten. Wir haben die Leistungsfähigkeit von Einschlussbegriffen demonstriert, und die Anweisung "ANDNOT" ist der nächste Schritt zur Nutzung der Abfrageressourcen des Systems. Wir werden auch zeigen, wie Klammern hinzugefügt werden, um anzugeben, wie diese Anweisungen "OR", "AND" und "ANDNOT" angewendet werden und miteinander interagieren.

"ANDNOT" -Anweisungen

"ANDNOT" -Anweisungen, auch als Negationen, Ausschlüsse oder Ausschlussanweisungen bezeichnet, sind eine übliche Methode, um anzugeben, was Ihre Abfrage nicht zurückgeben soll. Diese Aussagen werden häufig in einer Syndromdefinition genutzt, um häufige Fehlalarme auszuschließen. Eine "ANDNOT" -Anweisung ohne Klammern verbindet das Wort davor und das Wort danach und entfernt alle Rückgaben, bei denen beide Kriterien erfüllt sind. Um dies zu demonstrieren, können wir die folgende sehr einfache Abfrage durcharbeiten.

DIESES ODER DAS, UND NICHT DA

In dieser Abfrage gibt ESSENCE Felder zurück, die den Begriff "THIS" oder den Begriff "THAT" enthalten, und durchsucht dann die "THAT" -Rückgaben nach dem Vorhandensein des Begriffs "THERE" und entfernt diese Datensätze, wenn beide Kriterien erfüllt sind. "ANDNOT" -Anweisungen geben nicht die Reihenfolge an, in der die Begriffe erscheinen. Beachten Sie auch, dass der Ausschluss "THERE" des Beispiels nur für "THAT" gilt und nicht für "THIS". "DIESES" bleibt von der Ausschlusserklärung unberührt. Ähnlich wie bei den Anweisungen "AND" und "OR" wird bei ESSENCE-Abfragen nicht zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden, ebenso wenig wie bei den Operatoren. Alle Operatoren sollten von Kommas umgeben sein.

Nehmen wir die folgenden Hauptbeschwerden (verwendet in Teil 1–3) und den Wunsch an, eine Abfrage für sturzbedingte Verletzungen zu erstellen.

  1. Fallen
  2. Fiel aus dem Auto
  3. Verletzung des linken Arms; Fallen
  4. Mit Freunden ausfallen; Lebensmüde
  5. Fühlt sich niedergeschlagen
  6. Der Patient wurde nach einem Sturz ins Gesicht gebracht
  7. Fallen; Verletzung des linken Handgelenks
  8. Fühlt sich verstopft an; Allergien

Sie können davon ausgehen, dass die fettgedruckten CCs 1, 2, 3, 6 und 7 die sind beabsichtigt Fälle und 4, 5 und 8 sind falsch positiv.

Hier ist eine Tabelle mit Beispielen für die Abfrage "ANDNOT":

Abfragebeispiele "ANDNOT"
Abfragebeispiele "ANDNOT"
Code Beschreibung
^ Herbst ^
Dies ist eine einfache Abfrage eines Begriffs, der von Carets aus Teil 1 umgeben ist. Sie gibt die CCs 1, 3, 4, 5, 6 und 7 zurück.
^ Fall ^, ANDNOT, ^ Crestfallen ^
Diese Abfrage negiert das falsch positive Ergebnis in CC 5. Gibt die CCs 1, 3, 4, 6 und 7 zurück.
^ Fall ^, OR, ^ Fell ^, ANDNOT, ^ Crestfallen ^
Dies deckt beide Formen von "Fall" in unseren CCs ab, aber die Negation von "Crestfallen" folgt dem Begriff ^ Fell ^. Da "Fell" und "Crestfallen" nicht im selben CC erscheinen, werden keine CCs negiert. Gibt die CCs 1, 2, 3, 4, 5, 6 und 7 zurück.
^ Fall ^, ANDNOT, ^ Falling ^, ANDNOT, ^ Crestfallen ^
"ANDNOT" -Anweisungen können in Reihe geschrieben werden. Für den unmittelbar folgenden Einschlussbegriff gelten mehrere Ausschlussaussagen hintereinander. Beide Negationsbegriffe gelten für den ^ Herbst ^ Begriff. Gibt die CCs 1, 2, 3, 6 und 7 zurück.

Klammern

Komplexe Syndromdefinitionen verwenden häufig Klammern, um Begriffe zu gruppieren und Aussagen auf unterschiedliche Weise anzuwenden. "ANDNOT" -Anweisungen werden häufig neben Klammergruppierungen verwendet. In Bezug auf die Notation in ESSENCE sollten alle Klammern von Kommas umgeben sein, außer wenn die Klammer die Anweisung beginnt oder beendet. Um diese Notation zu demonstrieren und wie Klammern Anweisungen neu verteilen können, können wir die folgende einfache Abfrage durcharbeiten.

(, DIESES ODER DIESES), UND NICHT (, DORT ODER DANN)

Da in dieser Abfrage beide Abschnitte in Klammern stehen, wendet ESSENCE sowohl die "ANDNOT" -Negationen "THERE" als auch "THEN" auf die anfänglichen Einschlussbegriffe "THIS" und "THAT" an. Das heißt, es werden Felder zurückgegeben, die entweder den Begriff "DIESES" oder den Begriff "DAS" enthalten, solange nicht auch der Begriff "DORT" oder "DANN" vorhanden ist. Beachten Sie, dass das zweite "(" von Kommas umgeben ist, während das erste nicht von Kommas umgeben ist, da es das erste Zeichen in der Abfrage ist. Beachten Sie auch, dass das erste ")" von Kommas umgeben ist, während das letzte nicht von Kommas umgeben ist Zeichen in der Abfrage. Falsch platzierte Kommas sind einer der häufigsten Gründe, warum eine Abfrage nicht wie beabsichtigt funktioniert.

Nehmen wir die folgenden Hauptbeschwerden (verwendet in Teil 1–3) und den Wunsch an, eine Abfrage für sturzbedingte Verletzungen zu erstellen.

  1. Fallen
  2. Fiel aus dem Auto
  3. Verletzung des linken Arms; Fallen
  4. Mit Freunden ausfallen; Lebensmüde
  5. Fühlt sich niedergeschlagen
  6. Der Patient wurde nach einem Sturz ins Gesicht gebracht
  7. Fallen; Verletzung des linken Handgelenks
  8. Fühlt sich verstopft an; Allergien

Sie können davon ausgehen, dass die fettgedruckten CCs 1, 2, 3, 6 und 7 die sind beabsichtigt Fälle und 4, 5 und 8 sind falsch positiv.

Hier ist eine Tabelle mit Beispielen für Abfragen in Klammern:

Abfragebeispiele mit Klammern
Abfragebeispiele mit Klammern
Code Beschreibung
^ Herbst ^
Dies ist eine einfache Abfrage eines Begriffs, der von Carets aus Teil 1 umgeben ist. Sie gibt die CCs 1, 3, 4, 5, 6 und 7 zurück.
(, ^ Fall ^,)
Manchmal ändern Klammern nichts. Diese Abfrage funktioniert genauso wie die darüber liegende Abfrage. Gibt die CCs 1, 3, 4, 5, 6 und 7 zurück.
(, ^ Fall ^, OR, ^ Fell ^,), ANDNOT, ^ Crestfallen ^
Dies deckt beide Formen des „Sturzes“ in unseren CCs ab, und die Klammern stellen sicher, dass die Negation für beide Anfangsbegriffe gilt. Gibt die CCs 1, 2, 3, 4, 6 und 7 zurück.
^ Fall ^, ANDNOT, (, ^ Falling ^, OR, ^ Crest gefallen ^,)
"ANDNOT" -Anweisungen können geschrieben und auf eine Reihe von "OR" -Anweisungen angewendet werden, mit Ausnahme der gesamten Anweisung in Klammern. Gibt die CCs 1, 2, 3, 6 und 7 zurück.
(, ^ Fall ^, OR, ^ Fell ^,), ANDNOT, (, ^ Cre stfallen ^ oder ^ Falling Out ^, ANDNOT, (, ^ Out a window ^,),)
Syndrome können mit mehrfach verschachtelten Klammern kompliziert werden. Beachten Sie, dass diese Abfrage versucht, den CC "Mit Freunden ausfallen" zu negieren und gleichzeitig Besuche im Zusammenhang mit "Aus einem Fenster herausfallen" einzuschließen. In diesem Fall lautet der Begriff „ANDNOT“ doppelt negiert durch einen zweiten "ANDNOT" Begriff. Gibt die CCs 1, 2, 3, 6 und 7 zurück.

Wenn Sie zwei Sätze von Klammern mit unterschiedlichen Kriterien setzen, die durch eine UND-Anweisung verknüpft sind, muss mindestens ein Element aus jedem Satz von Kriterien erfüllt sein. Im folgenden Beispiel geben beide codierten Anweisungen dieselben Besuche zurück, aber die zweite Anweisung ist weitaus präziser und leichter zu lesen.

^ Fall ^, AND, ^ Injur ^, OR, ^ Fall ^, AND, ^ Face ^, OR, ^ Fell ^, AND, ^ Injur ^, OR, ^ Fell ^, AND, ^ Face ^

(, ^ Fall ^ oder ^ Fell ^,), AND, (, ^ Injur ^ oder ^ Face ^,)

Hier einige Beispiele, die zeigen, wie „ANDNOT“ und Klammern in der Praxis verwendet werden können:

Beispiel 1:

(, ^ Measl ^ oder ^ Meez ^ oder ^ Mesles ^ oder ^ Rubeo ^ oder ^ Measel ^ oder ^ Measul ^ oder ^ [; /] b05 ^) und nicht (, ^ Titer ^ oder ^ Masern mumps Röteln ^ oder ^ mmr ^ oder ^ Vakuum ^ oder ^ Schuss ^ oder ^ Immun ^ oder ^ Rubel ^ oder ^ Prophet ^, oder ^ Zimmer b05 ^ oder ^ deutsch ^ oder ^ ohne Haus ^ oder ^ Masern ausschließen ^,)
Dieses Beispiel ist ein Auszug aus der CCDD-Kategorie CDC Masern v1. Beachten Sie, wie alle Einschlussbegriffe in einer Klammeraussage gruppiert werden, alle Negationsbegriffe in einer anderen gruppiert werden und dann beide Aussagen sind mit einer "ANDNOT" -Anweisung verknüpft. Dies macht die Abfrage übersichtlich und leicht lesbar. Ohne diese Klammern zur Gruppierung der beiden Sätze wären die ersten beiden Einschlussbegriffe allein:
^ Measl ^, ANDNOT, ^ Titer ^, ANDNOT, ^ Masern Mumps Röteln ^, ANDNOT, ^ mmr ^, ANDNOT, ^ Vacc ^, ANDNOT, ^ Schuss ^, ANDNOT, ^ Immun ^, ANDNOT, ^ Rubel ^, ANDNOT, ^ prop ^, ANDNOT, ^ room b05 ^, ANDNOT, ^ german ^, ANDNOT, ^ homeless ^, ANDNOT, ^ Masern ausschließen ^, OR, ^ meez ^, ANDNOT, ^ titer ^, ANDNOT, ^ Masern mumps Röteln ^ , ANDNOT, ^ mmr ^, ANDNOT, ^ vac ^, ANDNOT, ^ shot ^, ANDNOT, ^ immun ^, ANDNOT, ^ rubel ^, ANDNOT, ^ prop ^, ANDNOT, ^ room b05 ^, ANDNOT, ^ german ^, ANDNOT, ^ heimatlos ^, ANDNOT, ^ Masern ausschließen ^,

Beispiel 2:

(, ^ [; /] T40.1X1A ^, OR, ^ [; /] T401X1A ^, OR, ^ [; /] T40.1X4A ^, OR, ^ [; /] T401X4A ^, OR, ^ [; / ] 965.01 [; /] ^, OR, ^ [; /] 96501 [; /] ^, OR, ^ [; /] E850.0 ^, OR, ^ [; /] E8500 ^ oder ^ 295174006 ^, oder ^ 295175007 ^ oder ^ 295176008 ^) oder (, (, (, ^ narcan ^ oder ^ naloxo ^ oder ^ gift ^ oder ^ verdo [se] [se] ^, oder ^ Überdosis ^ oder ^ Überdosis ^ oder ^ Nicken ^ oder ^ Nicken ^ oder ^ Schnauben ^ oder ^ in [gj] est ^ oder ^ Rausch ^ oder ^ nicht ansprechbar oder Bewusstseinsverlust oder Synkopen oder Kurzatmigkeit oder Kurzatmigkeit oder veränderter Geisteszustand) und (ihr) io] [oi] n ^ oder ^ hod ^ oder ^ speedball ^ oder ^ speed ball ^ oder ^ dope ^,),) und nicht, (kein Bewusstseinsverlust ^ oder ^ leugne [sd] Bewusstseinsverlust ^ oder ^ negativer Bewusstseinsverlust ^ oder ^ leugne jeglichen Bewusstseinsverlust ^ oder ^ leugne sie [io] [oi] n ^ oder ^ leugne sie [io ] [oi] n ^ oder ^ verweigerte ihr [io] [oi] n ^ oder ^ verweigerte ihr [io] [oi] n ^ oder ^ leugnete Droge ^ oder ^ verweigerte Droge ^ oder , ^ verweigerte Droge ^ oder ^ verweigernde Droge ^ oder ^ verweigert jede Droge ^ oder ^ mit dra ^ oder ^ zurückgezogen ^ oder ^ entgiftung ^ oder ^ detos ^ oder ^ detoz ^ oder ^ dtox ^,),)

Dieses Beispiel ist das ganz CDC Heroin Überdosis v4 CCDD Kategorie. Beachten Sie, wie die grüne Anweisung durch eine UND-Anweisung mit der gelben verknüpft ist. Dann sind beide Anweisungen in Klammern enthalten und werden durch die rote Anweisung mit einem ANDNOT-Operator negiert.

Versuch es!

Vergleichen Sie die Ergebnisse der folgenden Abfragen im CCDD-Feld von ESSENCE (die Ergebnisse sollten genau gleich sein):

^ Fall ^, AND, ^ W19.XXXA ^, OR, ^ Fall ^, AND, ^ W19XXXA ^

^ Fall ^, AND, (, ^ W19.XXXA ^, OR, ^ W19XXXA ^,)

Versuchen Sie, eine Reihe von Negationsbegriffen (erwartete Fehlalarme) für die folgende Abfrage zu schreiben. Überprüfen Sie Ihre Antwort mit der CCDD-Kategorie CDC Pertussis v1 in NSSP ESSENCE.

(, Whooping ^, OR, ^ Pertuss ^,), ANDNOT, (_______________)

Wir danken dem Senior Data Analyst Zachary Stein für die freiwillige Teilnahme an einer Reihe von Artikeln zur Freitextcodierung. Stein, der früher beim Kansas Department of Environment and Health tätig war, leistet epidemiologische Arbeit, um die NSSP-Bemühungen zu unterstützen. Stein ist aktiver Teilnehmer an der NSSP CoP. Er schrieb zunächst über Freitextcodierung als Eintrag im Forum des NSSP CoP Syndrome Definition Committee. Das Forum stieß auf großes Interesse und inspirierte diese Reihe. Stein erkennt die Beiträge anderer an, die zum Forumsbeitrag beigetragen haben.